Magyar szempontból a választás tétje ugyanakkor az etnikai alapon megfogalmazott, országos szintű politizálás fennmaradása. 1998-ban az Együttélés Politikai Mozgalom, a Magyar Polgári Párt és a Magyar Kereszténydemokrata Mozgalom éppen a soviniszta meciari politika hatására, politikai szükségszerűségből hívta életre a szlovákiai magyarság egységpártját, Magyar Koalíció Pártját. Az MKP nem csupán bejutott a szlovák parlamentbe, de kormányra is került; hiába nyerte meg a választást a Szlovákiát nemzetközi elszigeteltségbe taszító, szélsőségesen magyarellenes Vladimír Meciar, nem tudott kormányt alakítani, így a demokratikus erőkkel összefogva, Mikulás Dzurinda vezetésével új kormány állt fel, magyar részvétellel.
Ez nem jelentette azt, hogy azok a különbségek, amelyek korábban alapul szolgáltak három különböző magyar párt létrejöttéhez a Felvidéken, eltűntek volna. A különbségek megmaradtak, de a közösséget érő politikai támadások a kiegyezést követelték meg, a belső ellentétek zárójelbe kerültek. 2002-ben az MKP újra parlamenti és kormánypárt lett (a második Dzurinda-kormányban), majd 2006-ban még bejutottak a parlamentbe, de ekkor a kormányrudat már Robert Fico vette át miniszterelnökként, és szélsőségesen magyarellenes politikát folytatott, amiben segítéségre volt két koalíciós partnere, a soviniszta Ján Slota és a másodhegedűs szerepbe szorult Vladimír Meciar.
Az MKP-nak ekkor további, belső kihívásokkal is szembe kellett néznie.
Előjöttek a régi megosztottságok, Bugár Bélát a párt tagsága elmozdította az elnöki tisztségből, helyébe Csáky Pál lépett, ez a folyamat pedig végső soron a párt szakadásával ért véget 2009-ben, az immár nem etnikai politizálás elvén működő, interetnikus vegyespárt, a Most – Híd éltre hívásával. 2010-ben az MKP parlamenti bejutási küszöb alatt maradt, míg a Most – Híd szlovák–magyar vegyespárt bejutott a parlamentbe és a kormányba is. Az ezt követő két parlamenti választás alkalmával, 2012-ben és 2016-ban ugyanez a recept ismétlődött: a vegyespárt parlamentbe jutott, az etnikai párt pedig kívül maradt. Az MKP az egyik legstabilabb választói réteget tudta kialakítani, azonban a 109–113 ezer szavazat rendre kevésnek bizonyult a parlamentbe jutáshoz. A Most – Híd bár rendre bejutott a törvényhozásba, 2010 óta folyamatosan veszített a népszerűségéből, a végső döfést saját pártjának Bugár Béla pedig azzal vitte be, hogy 2016-ban kormánykoalícióra lépett a Robert Fico vezette Smer–SD-vel és a Szlovák Nemzeti Párttal, és a „maffiakormányból” Ján Kuciak újságíró (és a menyasszonya) meggyilkolását követően sem lépett ki. Ez a folyamat vezetett oda, hogy 2020-ben egyik magyar formáció sem jutott be a szlovák parlamentbe.