Ligeti egész tudományos pályáját azon cél érdekében végezte, amit 1932-ben A magyarság keleti kapcsolatai című művében felvázolt, vagyis a magyarság korai története keleti hátterének minél alaposabb megismeréséért.
Tudása elképesztően komplex volt, nemcsak világszínvonalú mongolista, hanem nemzetközi mércével is kiemelkedő turkológus, tibetológus, mandzsu-tunguzista és sinológus is volt.
A Magyar Királyi Pázmány Péter Tudományegyetemen 1925-ben szerezte meg diplomáját, méghozzá olyan eredménnyel, hogy elismerésül kormányzói gyűrűben részesült.
1925–1928 között Párizsban tanult kínai, mongol, tibeti és török nyelvészetet. Itt olyan tudósoknál pallérozta elméjét, mint Paul Pelliot, akit minden idők egyik legnagyobb sinológusának tartanak.
A Pelliot által alkalmazott ’haute Asie’ fogalma alapján alkotta meg a Belső-Ázsia-terminust, ami alapvetően nem földrajzi, hanem kulturális, civilizációs alapon meghatározott fogalom, az ázsiai nagyállattartó, nomád népek életterét jelenti.
Noha komoly elmélyültséget igénylő, aprólékos filológiai munkamódszer jellemezte, egyáltalán nem szobatudósi beállítottságú volt, hanem vonzotta a sok megpróbáltatással járó, nagy kitartást igénylő expedíciós utak légköre is.
Párizsból való hazatérte után nem sokkal hároméves kutatóútra ment a Kínához tartozó Belső-Mongóliába és Mandzsúriába. 1936–37-ben kutatóúton vett részt Afganisztánban, ahol többek között anyagot gyűjtött egy már kihaltnak hitt, archaikus mongol szigetnyelvről, a mogolról.
Utazásainak gyümölcse nemcsak tudományos értekezések képében valósult meg, hanem olvasmányos útleírások formájában is, mint például a Sárga istenek, sárga emberek vagy az Afgán földön.
1931-ben kezdett tanítani a budapesti egyetemen, 1939-ben megalakította az egyetemen a Belső-ázsiai Intézetet.
Nemcsak az ELTE-n és jogelődein tevékenykedett évtizedekig professzorként, hanem komoly szerepe volt abban is, hogy 1974-ben elkezdődhetett az altajisztikai képzés a szegedi József Attila Tudományegyetemen, majd 11 ezer kötetes magánkönyvtárát még életében a szegedi egyetemnek adományozta.