1861-ben Robinette 42 éves volt, nős, és egy szállodát vezetett a Baltimore és Ohio vasútvonal graftoni csomópontja közelében Virginia hegyvidéki nyugati megyéiben, amelyek hamarosan elszakadtak, és megalakították az új Nyugat-Virginia államot. Ahogy a nemzet azon a tavaszon a fegyveres konfliktus felé sodródott, a Virginia politikailag domináns rabszolgatartó elitjével szembeni parázsló ellenérzések nyílt viszályba torkolltak, Nyugat-Virginia korán csatatérré vált, mivel mindkét fél a vasút ellenőrzéséért küzdött. Az uniós csapatok 1861 júniusának közepén elfoglalták Graftont, és hat hónapon belül kiűzték a konföderációs erőket a térségből. A Robinette családot a háború első éveiben veszteségek érték: Moses felesége, Jane meghalt, szállodáját pedig lerombolták, állítólag uniós katonák. Legfiatalabb életben maradt gyermekei biztonságát keresve Robinette, úgy tűnik, elhagyta Virginiát, és visszatért a családjához a maldoni Allegany megyébe.
Robinette-et 1862 végén vagy 1863 elején vette fel civil állatorvosként az amerikai hadsereg. A Potomac hadsereg tartalékos tüzérségéhez osztották be, és a lőszerkocsikat húzó lovak és öszvérek egészségének megőrzésével bízták meg.
Azon a márciusi estén Beverly Ford közelében Alexander, a brigád kocsirendezője meghallotta, hogy Robinette valamit mondott róla a szakácsnőnek, és berohant az étkezdébe, hogy magyarázatot követeljen. Az indulatok elszabadultak, a kölcsönös káromkodások után Robinette elővette a zsebkését. A rövid dulakodás után Alexander több vágásból is vérzett, mielőtt a tábori őrök megérkeztek, hogy letartóztassák Robinette-et.
Közel egy hónap telt el, mire Robinette katonai tárgyalása megkezdődött. A vádak szerint ittas állapotban volt, és „veszélyes veszekedésre” buzdított, megszegve a rendet és a katonai fegyelmet. Mivel egy kivont fegyverről volt szó, a vádak között szerepelt a „gyilkossági kísérlettel” járó testi sértés is. A tárgyalási jegyzőkönyv szerint Robinette záróbeszédében kijelentette, hogy „bármit is tettem, azt önvédelemből tettem, és hogy sem előtte, sem azóta nem volt bennem rosszindulat Alexander úrral szemben.” A katonai bírák másnap egyhangú ítéletet hoztak: a gyilkossági kísérlet kivételével minden vádpontban bűnösek találták. A büntetés két év kényszermunkával járó börtönbüntetés volt.
Három hónap múlva a floridai Key West melletti Dry Tortugas-szigetekre küldték. A szigeteken állt a Jefferson-erőd, ami abban az időben katonai börtönné vált, amelyet Lincoln ellenfelei „amerikai Szibériaként” jellemeztek.
Az idő tájt, amikor Robinette megérkezett Dry Tortugasra, három katonatiszt, aki ismerte őt, kérvényezte Lincolnnál, hogy helyezzék hatályon kívül az ítéletét. John S. Burdett, David L. Smith és Samuel R. Steel azt írták, hogy Robinette büntetése indokolatlanul szigorú volt, emellett azt vallották, hogy Robinette a háború kitörésétől kezdve „lelkesen és befolyásosan … ellenezte az árulókat és a kormány elpusztítására irányuló terveiket”.
