Az ügy 1963-ban kialudt, Garrison három évig nem foglalkozott vele, mert akkor még eszébe sem jutott, hogy a kormánynak köze lehet a merénylethez, bár az neki is feltűnő volt, hogy Lee Harvey-ról már a merénylet napján mennyire naprakész tájékoztatást adott a média. Aztán 1966 őszén Garrison találkozott a tekintélyes Russell Long szenátorral, aki gúnyos megjegyzéseket tett a Warren-jelentés hitelességére. Ez szöget ütött Garrison fejébe, aki elkezdte olvasni a huszonhat kötetes jelentést. Észrevette a tendenciát, hogy a bizottság mindenáron azt akarta bebizonyítani, hogy Oswald volt a magányos merénylő, aki hátulról, a könyvraktárból lőtte le az elnököt. Garrison tehát újra elővette az ügyet, és kis körben, de nyomozni kezdett, aminek gyorsan elterjedt a híre, és a sajtó felkapta a témát. Az ekkor negyvenöt éves, családos ügyésznek fogalma sem volt, mibe ütötte bele az orrát.
Garrison 1967. március 1-jén tartóztatta le a Clay Shaw nevű New Orleans-i üzletembert, mert tanúk állították, hogy többször együtt látták Oswalddal és Ferrie-vel.
Ekkor történt egy érdekes közjáték: amikor ugyanis az illetékes rendőr fölvette Shaw adatait, megkérdezte tőle, hogy használ-e álnevet, mire az zavarodottságában bemondta a Clay Bertrand nevet. Ez azért érdekes, mert a merénylet napján telefonon felhívták Dean Andrews ügyvédet, és megbízták, hogy vállalja el Oswald védelmét. A telefonáló Clay Bertrandként mutatkozott be. A bíróság később nem volt hajlandó elfogadni, hogy Shaw és Clay Bartrand ugyanaz a személy, vagyis egy hivatalos rendőrségi iratot utasítottak el, az adatot rögzítő rendőr pedig nem mert vallomást tenni. Valószínűleg megfenyegették, ahogy rajta kívül három fontos tanú közül az egyiket brutálisan megverték, a másikra rálőttek, a harmadikra pedig kézigránátot dobtak a nyílt utcán. Ők sem tettek vallomást. A Garrison tanúi elleni támadások már korábban megindultak, amikor Ferrie megemlített egy bizonyos Eladio del Valle nevű kubai disszidenst, akivel együtt bombáztak kubai cukornádföldeket. Miután Garrison ki akarta hallgatni a kubait, a férfit 1967. február 22-én különös kegyetlenséggel kivégezték: megkínozták, szíven lőtték és baltával széthasították a koponyáját. Eladio del Valle részt vehetett a dallasi merényletben mint lövész vagy operátor, ezt más kubai disszidensek és a kubai titkosszolgálat is megerősítette. Ferrie-t ugyanezen a napon, tizenkét órával korábban érte a halál, az orvosszakértő természetes okokat állapított meg. (Banister 1964-ben halt meg, hivatalosan szívbetegségben. A dallasi merénylet szereplői közül elég sokan haltak meg váratlanul…) Ebben az időben már létezett olyan méreg (dimetil-szulfát), amely a halál beállta után néhány órával elpárolgott. Nem mellékes, hogy egy New Orleans-i lap öt nappal korábban említette meg először Ferrie nevét. Egy héttel később letartóztatták Clay Shaw-t, mire a propaganda azonnal megindult Garrison ellen. Shaw-ról később kiderült, hogy szorosan kötődött a CIA-hoz.
Meleg nácik
Garrison fő tanúja, Perry Russo viszont a tárgyalóteremben azonosította Clay Shaw-t, akit Clay Bertrandként mutattak be neki. Ferrie, Shaw és vélhetően Russo homoszexuálisok és Garrison szavaival élve ténylegesen neonácik voltak. Ezzel kapcsolatban érdekes Garrison véleménye 1967-ből: „Ha visszatekintünk a történelemre, és a politikai spektrum akár kommunista, akár fasiszta oldalát nézzük, komor tekintetű embereket találunk fegyverrel a kézben, akik azt hiszik, hogy bárkit, aki nem azt gondolja, amit ők, börtönbe kell vetni vagy ki kell végezni. A merénylet kevésbé ideológiai ügy, sokkal inkább a társadalmunk egy beteg elemének őrült bosszúja egy emberen, aki példásan egészséges és becsületes volt.” Russo azt is elmondta, hogy 1963 szeptemberében részt vett egy olyan szűk körű megbeszélésen, ahol Ferrie, Oswald és Shaw megbeszélték a Kennedy elleni merénylet módját, és ekkor hangzott el a „háromszögelési kereszttűz” kifejezés. Russo szerint ekkor Ferrie azt mondta neki: „Meg fogjuk ölni John F. Kennedyt.” Őket kiegészítették a kubai emigránsok, akiket a végletekig feldühített Kennedy Kubával kapcsolatos enyhülési politikája. És egy ilyen csoportba olvadt be az ambiciózus, de szerény értelmű Oswald, aki nem volt homoszexuális, gyűlölte a kommunizmust és mélyen tisztelte Kennedy elnököt. Garrison arra következtetett, hogy Oswald Ferrie és Shaw manipulációjának áldozatává vált, akik tökéletes bűnbakot csináltak belőle.