Az erdélyi magyar politikai ellentétek fókuszában az RMDSZ megalakulása óta a nemzeti önrendelkezés gondolata és az autonómia áll. Mint a magyarság ügye mellett élete kockáztatásával a Ceausescu-korszakban is kiálló Király Károly a Nyílt kártyákkal című visszaemlékezésében leírja, már 1989–90 fordulóján éles viták zajlottak a frissen megalakult érdekvédelmi szervezet vezetői között e kérdésekben. A kezdeti belső viták fokozatosan átszivárogtak a nyilvánosságba. Az első, Nagyváradon megtartott kongresszus óta pedig (jól dokumentálhatóan)
két tábor áll egymással szemben: azok, akiket a román elvárásoknak való megfelelési igyekezet vezet, s így egy eleve szűkös eszköztárhoz igazítják a céljaikat, és azok, akik egy hosszú távú fennmaradással kecsegtető célhoz, az autonómiához keresnek eszközöket.
Most eltekintek annak részletes ismertetésétől, hogy a két megközelítés hívei milyen intézményes keretek között vívták harcaikat, előbb az RMDSZ-en belül, majd az autonomisták derékhadának 2003-as kiválása óta a nyílt politikai arénában, hogy miként alakult meg a Magyar Polgári Szövetség, majd a Magyar Polgári Párt s később az Erdélyi Magyar Néppárt, illetve e kettő egyesüléséből az Erdélyi Magyar Szövetség (EMSZ). Elég annyi, hogy utóbbiak a radikálisnak mondott, de valójában józan és mérsékelt politikai vonalvezetés s az autonomista gondolat örökösei.
Romániának a NATO-hoz, illetve az Európai Unióhoz történt csatlakozásáig megvolt a lehetőség arra, hogy a magyar diplomácia nyomás alá helyezze a román politikai elitet, s megkérje a román integrációs törekvések árát a háromszintű autonómia formájában. Ezt a történelmi lehetőséget a Medgyessy Péter, majd a Gyurcsány Ferenc vezette MSZP–SZDSZ-kormány elszalasztotta,
rendezett helyette közös ünneplést az Erdély Romániához csatolásának szándékát bejelentő gyulafehérvári nagygyűlés évfordulóján, majd román–magyar közös kormányülést. Az önmegalázó gesztus s a kinyújtott jobbkéz semmiféle nemzetpolitikai haszonnal nem járt – a román fél nemhogy az autonómia intézményrendszerét nem kodifikálta, de egyre-másra sérti meg a szerzett jogokat is, lásd a Mikó-kollégium ügyét, a jogos tulajdonosoknak megítélt erdők visszaállamosítását vagy a Marosvásárhelyi Orvosi és Gyógyszerészeti Egyetem kálváriáját.