Molnár Sándor 1936. január 19-én született a Borsod megyei Sajóládon. A Képzőművészeti Főiskolát Budapesten végezte el 1955 és 1961 között, 1958-ban vezetésével alakult meg a szellemi és művészeti kérdésekkel foglalkozó, progresszív képzőművészeket tömörítő önképző csoport, a Zuglói Kör, amely közel tíz éven át működött, szellemi otthont nyújtva a haladó szellemiségű művészeknek.
Hamvas Béla filozófussal 1962-ben ismerkedett meg, a vele kialakult mester–tanítványi viszony volt életének egyik legmeghatározóbb kapcsolata. A hamvasi szellemiség bázisán alkotta meg 1966-ban a saját, festőjógának nevezett elméletét, amelynek korszakait a művészi és egzisztenciális mellőzöttség évei után monumentális kiállításokon mutatta be többek között a Műcsarnokban, az Ernst Múzeumban, a régi és az új Vigadóban. A tradicionális világnézetből, filozófiákból táplálkozó elmélet az öt elem fázisára bomlik: a föld elem az anyagi világ félig-meddig figuratív ábrázolása; a víz elem az érzelmek kavargó örvénylése; a tűz elem a tomboló szenvedélyek lángolása; a kristály elem a szellem szilárd, geometrikus világa; és végül az üresség – vagy levegő elem – a kitisztuló, lecsillapodó visszahúzódás, a visszavezető út Istenhez. Erre a művészetfilozófiai keretrendszerre építette fel munkásságát, minden korszaknak körülbelül egy évtizednyi időt szánva.
Párizsban ismerkedett meg Jean Bazaine-nel és a tradicionális fiatal francia festők csoportjával 1965-ben, majd 1982-ben Claude Viallat-val és a Supports/Surfaces csoporttal.
Legutolsó korszakának sugárzóan fehér képeit, Üresség címmel, a Magyar Művészeti Akadémia szervezésében, 2016 őszén, egy nagy hatású kiállításon láthatta a közönség a Pesti Vigadóban.
Molnár Sándor 1986-ban vendégtanár volt a nimes-i Képzőművészeti Főiskolán, 1990 és 2005 között a Magyar Képzőművészeti Egyetemen tanított, pedagógia elveit A festészet tanítása, művészetfilozófiai rendszerét pedig A festészet útja című könyveiben foglalta össze.
Pályája során Munkácsy-díjjal (1992) és Kossuth-díjjal (2005) tüntették ki, 1993-tól a Széchenyi Irodalmi és Művészeti Akadémia tagja volt.