Ján Kuciakot és jegyesét, Martina Kušnírovát 2018. február 21-én nagymácsédi házukban lőtték agyon. A kettős gyilkosságot profi módon, percek alatt hajtották végre: Kušnírovát szemből fejen lőtték, Kuciak pedig két lövedéket kapott a szívébe. A nyomozás adatai szerint a nő megölésére nem volt megbízásuk a végrehajtóknak, azonban Martina otthon volt a támadás idején, így vele is végzett támadója, aki az eddig ismert adatok szerint társaival egy magyarországi férfitól szerezte be a gyilkos fegyvert.
Noha Kuciak a Szlovákiában gyökeret eresztő olasz maffiával, annak politikai és közéleti kapcsolataival is foglalkozott, egyre inkább úgy tűnik, nem ez okozta a halálát. Ez azután derült ki, hogy 2018 szeptemberében a Nemzeti Bűnüldözési Ügynökség (NAKA) munkatársai elfogták azt a négy személyt, akik a gyilkossággal gyanúsíthatóak. A nyomozók egy ideig azt feltételezték, hogy a volt rendőr, Sz. Tamás ölt, és Miroslav M. sofőrként vett részt a bűncselekményben, ám utóbbi később beismerte, hogy ő húzta meg a ravaszt. Segítségükre volt még A. Zoltán, az akciót szervező, a vérdíjat is fizető A. Zsuzsová pedig közvetítő lehetett az emberölésben. Erről a rácsok mögött megtörő A. Zoltán beszélt kihallgatóinak, aki szerint a nő összesen hetvenezer eurót fizetett a bérgyilkosoknak. Az asszonyt azóta a nyomozó hatóság összefüggésbe hozta Molnár Péter gútai vállalkozó, illetve az MKP egykori ógyallai régiós politikusa, Basternák László 2010-es kivégzésével is, de ellene és társai ellen két ügyész és Daniel Lipšic volt belügyminiszter, későbbi ügyvéd meggyilkolásának az előkészítése miatt is eljárást indítottak. A rendelkezésre álló adatok szerint a célszemélyek megfigyelésében rendőrök is részt vállaltak, emiatt a belügyminisztérium illetékesei is segítik a vizsgálódást.
Azt már a nyomozás elején is tudni lehetett, hogy nem A. Zsuzsová az utolsó láncszem az újságíró-gyilkosság elkövetői közül, hiszen neki nem volt személyes konfliktusa Kuciakkal. Fordulat márciusban következett be, amikor a váltóhamisítás és adócsalás miatt egy évvel korábban letartóztatott milliárdos oligarchát, Marián Kočnert felbujtással gyanúsították meg az ügyben. A férfi többször megfenyegette a halála előtt Kuciakot, hogy hagyja abba a róla szóló cikkek írását, ám a hatóságok az újságíró feljelentése ellenére sem léptek. Ma már tudjuk, miért: Kočner egy kapcsolatán, Norbert Bödör nyitrai vállalkozón keresztül nyomozásokat akadályozhatott meg, hozzáférhetett a rendőrségi adatbázisokhoz, a lakosság-nyilvántartáshoz, a róla író újságírók vagy épp az ügyeiben eljáró ügyészek adataihoz. Az információáramlás azért folyhatott ennyire könnyen, mert Bödör a Kuciak-gyilkosság miatt lemondani kényszerült országos rendőrfőkapitány, Tibor Gašpar rokona, ám Kočner más rendőröket, sőt ügyészeket, bírákat és politikusokat is a markában tarthatott.