Bod Péter Magyar Athenas című művében (1766) így írt róla: „…Erdélybe jövén tsak hamar elhíresedett, mint-hogy minden-féle tudományokban nagy böltsessége volt; az orvoslás mesterségében pedig nagy földön mássa nem volt, aki olly jól a nyavalyák okait észrevehette volna, s olly fundamentomosan orvosolhatta volna. Nem tartottak az ő idejében a két Hazában hozzá hasonló tudósembert”. A nagy tudású polihisztornak azonban nem adatott meg, hogy ágyban, párnák között szenderüljön jobblétre, börtöncellában hunyt el, egy felettébb szégyenletes, bár alighanem teljesen igaztalan vád, bigámia miatt, úgy, hogy sorsa jobbra fordultában nem sok oka volt reménykedni. Megítélése kortársai között is ellentmondásos volt, amint Bod Péter írja rövid életrajzának végén:
Halála után Kölesériről kevessen mondottak jót: Tudománnyát ugyan ellenségei-is meg-vallották ’s nagy bölcsességét; de Kegyességét ’s tselekedeteit még Jó akarói sem ditsérték.
Nem feladatunk igazságot tenni és megítélni egy három évszázada halott ember tetteit, életpályája szimptomatikusan hordozza magában mindazokat a konfliktusokat, problémákat, amelyek a hódoltság utáni Magyarországot terhelték. Apja az idősebb Köleséri Sámuel (1634, Nagyvárad–1683, Debrecen) volt, korának jelentős és köztiszteletnek örvendő református teológusa, prédikátora, aki maga is jelentős irodalmi tevékenységet fejtett ki, számos írása jelent meg nyomtatásban.
Apja példáját követve alig tizenöt évesen indult az ifjabbik Sámuel is nyugat-európai egyetemi tanulmányokra. A hollandiai Leydenben és Franekerben tanult, rövidebb időre, apjához hasonlóan, angliai egyetemeken is megfordult. A hasonló indulás mellett különbözőbb talán nem is lehetne apa és fiú életpályája: az apa, aki műveltségével, világlátásával még mindenestül a hitvitázó, mindent a vallás irányából szemlélő XVII. század gyermeke, és a fiú, aki a természettudományok iránt érdeklődik, és akinek vallásosságát a nálánál jámborabb vagy csak felekezetükben elfogultabb kortársak rendre kétségbe vonják – nem tudhatjuk, hogy okkal vagy ok nélkül.
Az ifjú tanulmányaiból apja halálhírére érkezik haza.
Eddigre megszerezte teológiai és filozófiai képesítéseit, így minden feltétel adott, hogy felmenőihez hasonlóan lelkészi pályára lépjen. Azonban ehelyett ő Erdélybe költözik, orvosi pályára lép, és Szebenben telepszik le, ahol hamarosan tartományi főorvos lesz.
