A sajtóvisszhang a vártnak megfelelő volt, David Binder túl is teljesítette a feladatot, a The New York Times 1993. július 20-i számában megjelent, Románok és magyarok csipetnyi bizalmat építve című írásában a román kormányt dicsérve leszélsőségesezte és leirredentázta az RMDSZ-t, cseppet sem zavartatva magát attól, hogy a következő passzusban épp e szervezet tárgyalóit dicséri. A másnapi számban helyesbítés jelent meg, miszerint nem az RMDSZ kéri Erdély Magyarországhoz csatolását, hanem annak némely budapesti szövetségese.
Egyik hazug rágalmat helyettesítették egy másikkal. Hatalmas belpolitikai vihar kerekedett az ügyből, miután Tőkés László, az RMDSZ akkori tiszteletbeli elnöke A hatalom uszályában című, alaposan dokumentált, nagy ívű írásban (Romániai Magyar Szó, 1993. augusztus 8.) elemezte, hogy mekkora kárt okozott az RMDSZ-nek és általában az erdélyi magyarság ügyének az ominózus tárgyalás.
Első ízben tapasztalhatta meg a választói bázis, hogy bizony az eliten belül súlyos viták vannak, amelyek nem pozícióharcról szólnak, hanem éles elvi véleménykülönbségekről. Korábban is akadtak kötélhúzások, belső csörték, már a szervezet elnevezése is vitára adott okot, hiszen romániaiként meghatározhatják magukat akár a frissen betelepült Srí Lanka-iak is, az erdélyi önmeghatározás ezeréves múltunkra, őshonosságunkra utalt volna. De a Neptun-ügyig ezek a polémiák megmaradtak az elit szintjén, nem vonták be a tagságot.
A Neptun-válság végére az RMDSZ belső parlamentje, a Szövetségi Képviselők Tanácsa (SZKT) tett pontot, leszögezve, hogy e tárgyalás jelentős károkat okozott a szövetségnek, továbbá hogy „lehetőséget teremtett a hatalomnak arra, hogy belső RMDSZ-irányzatok preferálásával kísérletet tegyen szervezetünk megosztására. Olyan politikai stílus állandósulásának veszélye jelent meg az RMDSZ-ben, amely eltekint a legitim képviselet szabályaitól, a belső döntéshozói illetékességektől.”
A Neptun súlyos örökségként nehezedett a következő három esztendőre, de a szervezet több mint három évtizedes történetében mégis ez a három év volt az, amikor a vezetés több önálló, bátor lépést is tett a jó irányban. Ilyen volt a Románia ET-felvételének ügyében megfogalmazott memorandum, s ilyen a félmillió aláírással megtámogatott saját tanügyi törvény benyújtása. Elvárható lett volna, hogy mindkét dokumentum középponti gondolata a mindmáig érvényes RMDSZ-program lényege, az autonómia legyen, de annak ellenére, hogy ez nem így történt, e kezdeményezések a rendszerváltás utáni önálló arcélű magyar politika fontos dokumentumai.
Midőn viszont 1996 nyarán az RMDSZ választási kampányának középpontjába az az üzenet került, hogy a magyar szövetség részt vállalna a következő kormány munkájában, már rosszat sejthettünk. Különösen, hogy arról nem sok szó esett, hogy milyen feltételekkel és milyen politikai erők oldalán vállalna kormányzati szerepet a szövetség.
Midőn az ügyben a végső szót kimondó SZKT-gyűlésen Tőkés László kidolgozott feltételrendszert mutatott be, amelynek teljesülése esetén lenne kívánatos az RMDSZ részvétele a következő kormánykoalícióban, ezt a szervezet akkori elnöke, Markó Béla azzal utasította vissza, hogy „a jó alkusz nem mondja meg előre a liba árát”. Azt sugallva nyilván, hogy ha nem kötik meg RMDSZ-es tárgyalódelegáció kezét, akkor netán többet is ki tudnak csikarni, mint ami az előterjesztésben szerepelt. Ehhez képest „a libát” ingyen adták oda, még koalíciós szerződést sem kötöttek. Nemhogy nem tettünk egy lépést sem a koalíciókötés előtt az autonómia intézményesítésének irányában, de még ígéretet sem kaptunk erre.
A magyar fél lemondott egyik legfőbb eszközéről, a külpolitikai nyomásgyakorlásról, kormányon hitelesítette a magyarellenességben mit sem változó román hatalmat az EU-csatlakozás előtt, úgy, hogy központi célkitűzése, a háromszintű autonómia még csak említést sem nyert. A Neptun-paradigma győzedelmeskedett, a kormányzati szerepvállalás logikája minden elemében azonos a neptuni tárgyalás logikájával. A különbség csak annyi, hogy a Neptun három kollaboráns politikus partizánakciója volt, míg az 1996-os kormányzati szerepvállalásra az illetékes testület, az SZKT rámondta az áment, elsöprő többséggel, két tartózkodás (Toró T. Tibor, Sógor Csaba) és három ellenszavazat mellett, amit Csapó József, Katona Ádám és e sorok írója adott le.
Hogy mekkora esélyünk lenne kivívni az autonómiát, amennyiben minden lehetséges fórumon egységes koncepció mentén küzdene érte az erdélyi magyarság minden képviselője, nyilván nem tudhatjuk. Három dolog viszont egyértelműnek látszik.
Az első egy tragikus tapasztalati tény. A jelenlegi politika mellett az erdélyi magyar közösség tízévente kétszázezer lélekkel csökken. Ezt eddig három népszámlálás igazolta.
A második egy erős hipotézis, amit nemzetközi tapasztalatok támasztanak alá: az autonómia olyan létkeret, mely a népességfogyás ellenében hat.
A harmadik, hogy az autonómiát tálcán nem fogják nekünk kínálni, a sok apró engedmény, aminek jó részét utólag egyébként visszaveszik, soha nem fog autonómiává átlényegülni. Az autonómia nem ráolvasás kérdése, mint azt sugalmazta az egyik neptuni tárgyaló, Frunda György, aki minden ténybeli alap nélkül azon vélekedésének adott hangot sokak meglepetésére 2001-ben, hogy szerinte biztosítva van az erdélyi magyarság számára a kulturális autonómia.
Ergo nincs más távlatos megoldás, mint összefogni a meglevő erőket, és visszatérni ahhoz az elvi alaphoz, amit a három erdélyi magyar párt közös autonómianyilatkozata teremtett meg 2018-ban. Ez lehetne a Neptun Toró T. Tibor által ajánlott közös újraértelmezése, a neptuni örökség tényleges meghaladása.