A győri fővonal járatai a Keleti pályaudvar helyett Budapest-Kelenföldről indulnak, és oda is érkeznek. Kelenföld vasútállomás és a Keleti pályaudvar között az M4-es metróval utazhatnak.

A Budapest–Miskolc közötti intercityk, valamint a Tisza-tó sebesvonat a Keleti pályaudvar helyett a Nyugati pályaudvarról indul, és oda is érkezik. Az interrégiós és az S80-as vonatok a Keleti helyett Kőbánya felsőről indulnak, és oda is érkeznek. A belváros felé rugalmasabb eljutási lehetőségek biztosítására pótlóbuszok közlekednek Kőbánya felső és a Puskás Ferenc Stadion metróállomás között.
A pécsi és a kaposvári intercityk fővárosi végállomása Budapest-Kelenföldre kerül át. A korlátozás ideje alatt az S76-os vonatok egy része meghosszabbított útvonalon, Pilisvörösvár–Pécel között közlekedik, átszállási lehetőséget biztosítva az M3-as metróra. A Nyugati pályaudvar leterheltségének, forgalmának enyhítése érdekében az S21-es vonatok jellemzően Kőbánya-Kispest állomáson fordulnak.

A nemzetközi vonatok esetében is jelentős menetrendi változásokkal kell számolni, a korábban megvásárolt menetjegyek esetében is módosítások vannak az eredeti Keleti pályaudvari úti célhoz és indulási állomáshoz képest. A nyugati irányú, így többek közt a Bécsbe, Münchenbe, Zürichbe, Ljubljanába vagy Zágrábba közlekedő vonatok Kelenföldről indulnak és visszafelé oda is érkeznek. A kelet felé tartó járatok jellemzően a Nyugatiból indulnak, többek közt Kijevbe, Temesvárra, Bukarestbe vagy Kassára is innen utazhatunk.

A BKK expresszvillamossal és járatsűrítésekkel segíti a közlekedőket
A felújítás időszakában számos fővárosi járaton a vonatokra érvényes jegyekkel, bérletekkel is lehet utazni.
A BKK vonatpótló expresszvillamost indít 37E jelzéssel a Blaha Lujza tér és Kőbánya felső vasútállomás között, mert számos vonat, így például a hatvani és szolnoki személyvonatok, az Agria és Mátra IR vonatok a Keleti pályaudvar helyett csak Kőbánya felsőig közlekednek, illetve onnan indulnak. A 37E járat kizárólag a fontosabb megállóhelyeken áll meg, így 3-4 perccel rövidebb a menetidő, továbbá a 37-es, és a 37A jelzésű szerelvényekkel együtt 3-5 percenként közlekednek a járatok a vonalon.