A magyar történelem egyik legnagyobb, szentté avatott királylánya koponyaereklyéjének vizsgálatát 2017–2018 fordulóján Erdő Péter bíboros kérésére kezdeményezte Kásler Miklós az Országos Onkológiai Intézet archeogenetikai csoportjánál. Ezt követően történt meg az első mintavételezés és archeogenetikai elemzés Szent Margit koponyaereklyéjéből, valamint Macsói Béla herceg – Szent Margit unokaöccse – csontvázából.
A két személy földi maradványainak sorsa önmagában is érdekes történet, s mindkét esetben nagyon valószínű, hogy a csontok valóban ahhoz a személyhez tartoznak, akinek tulajdonítják azokat.
Szent Margit csontjainak, illetve az azokkal együtt őrzött tárgyaknak a története a magyar kultúrhistória egyik legjobban dokumentált ereklyetörténete. A törökök 1541-es budai berendezkedése idején a Margit-szigeti kolostor apácái értékeikkel együtt előbb Nagyváradra, majd Nagyszombatra, végül Pozsonyba, a klarisszák kolostorába menekültek. Mindvégig velük volt Árpád-házi Szent Margit minden ereklyéje: koporsója, a benne lévő csontmaradványokkal, a koponya, a kar-, láb- és gerinccsontok, több ruhanemű, amelyek bizonyára nem a holttest mellett voltak a sírban, hanem csupán a kolostorban őrizték azokat, mint Margit tárgyait.

A történet érdekessége, hogy a szent vezeklőövét és bizonyára az önostorozára alkalmazott korbácsát is sokáig használták. Még arról is van adat, hogy az övet olykor-olykor kikölcsönözték, mert az volt a híre, hogy megkönnyíti a szülést. Az ostorból csak foszlányok maradtak, az öv viszont ma is megtalálható az esztergomi bazilika kincstárában. Arról is van adat, hogy a koponyát 1643-ban tették ki tiszteletre a templom kórusában, de ma már a koponyából csak szilánkokat őriznek Esztergomban. Feltehetően az apácák elajándékozgatták vagy eladogatták a maradványokat a bűnbánóknak.
Ugyancsak erős valószínűséggel azonosítható Macsói Béla herceg csontváza.
Őt 1272-ben egy Margit-szigeti mulatozás közben mészárolta le a nagy hatalmú báró, Kőszegi Nagy Henrik. Korábban ugyanis közösen vettek részt az akkoriban dúló és bonyodalmas trónharcokban, s most a báró pártütéssel vádolta a herceget. A szóváltásból dulakodás, majd mészárlás lett. A legenda szerint testének véres darabjait unokahúga, Margit és a többi apáca szedte össze, s temette el a kolostorban.