„Talán, nem tudom. Talán mi tettük. Elfelejtettem.”
William Colby, a CIA távol-keleti részlegének igazgatója
Az első indonéz államelnök, Sukarno (1901–70) rendkívül népszerű volt a népe körében. Háború nélkül, az Egyesült Államok segítségével elérte, hogy Hollandia 1949-ben részlegesen elismerje Indonézia függetlenségét. Sukarno 1946-ban és 1948-ban gyorsan elfojtott egy-egy véres kommunista felkelést, amit az Indonéz Kommunista Párt (PKI) irányított, s ezzel kivívta Washington rokonszenvét. Az USA ekkor még előző elnöke, Franklin D. Roosevelt szellemében járt el, és nem támogatta a neokolonializmust. Sukarno kiváló képességű államférfi volt, aki mindent megtett országa függetlenségéért.
Forrongó ország
A számtalan szigetből álló Indonéziát nem volt könnyű egységben tartani a széthúzó politikai frakciók miatt. 1951-től a PKI is újra legálisan működhetett. Ekkor a pártnak új vezetősége lett és sokkal komolyabb szervezetté vált. A szélsőségeseket eltávolították, a taglétszám meredeken emelkedni kezdett. Viszont iszlamista lázadások sora tört ki az 1950-es években, miközben a hadseregben is bizonytalanság uralkodott. Sukarno felismerte, hogy a nyugati típusú liberális demokráciát náluk nem lehet alkalmazni, ezért ,,irányított demokráciát” kezdett bevezetni, figyelembe véve az őshonos, regionális tanácsok kormányzási elveit. A többség kezdte elfogadni Sukarno elképzelését, de 1957-ben egy kézigránátos támadást is túl kellett élnie. Katonai eszközökkel, hadiállapot kihirdetésével állította helyre az egyes lázadó régiók hűségét.

Közben 1958-ban két katonai parancsnok egy Permeste nevű mozgalmat indított, amelynek célja a jakartai kormány megdöntése volt, arra hivatkozva: nő a kommunisták befolyása. Ez retorikai fogás volt, mert a CIA-tól, az amerikai Központi Hírszerző Ügynökségtől így kaptak pénzt és kiképzőket, valamint kézifegyvereket és vadászgépeket is. Súlyos harcok törtek ki Kelet-Indonéziában, egészen addig, amíg a CIA két pilótáját el nem fogtak a kormányerők — ezzel nyilvánvalóvá vált az amerikai beavatkozás.
A CIA-nak konkrétan Dwight D. Eisenhower elnök adott parancsot 1957. szeptember 25-én a Sukarno-kormány megdöntésére. Ez volt a egyik legnagyobb kudarcuk, emiatt Washingtonból inkább az indonéz tábornoki kar tagjait kezdték megkörnyékezni és lázadásra bírni.
El nem kötelezettek
A PKI Kínán és a Szovjetunión kívül a világ legnagyobb kommunista pártjává vált, jóval több mint hárommillió aktív taggal. Sukarno nacionalista volt, aki megpróbált egyensúlyt teremteni az ország különböző régiói, kultúrái, valamint a a széttöredezett indonéz politikai csoportok között. A működőképes hatalom érdekében ki kellett egyeznie a legjobban szervezettekkel. A PKI támogatásával Sukarno kormánya jelentősen megerősödött. Cserébe betiltott minden kommunistaellenes sajtóterméket és visszafogta a hadsereget. A hidegháború viszonyai között Sukarno egyensúly-politikát próbált folytatni. Az 1956-os amerikai látogatása után Pekinget és Moszkvát is felkereste. Később John F. Kennedy elnökkel is találkozott, aki több milliárd dollár támogatást adott Jakartának. Kennedy 1963-as halála után viszont minden megváltozott. Sukarno elkövette azt a hibát, hogy 1955-től közeledett az úgynevezett el nem kötelezett államok felé, majd 1960-ban, a hidegháború fokozódásával már közéjük sorolta országát. Ekkoriban Magyarországon is járt.