A 2001. szeptember 11-i, az Egyesült Államok elleni terrortámadások nyomán a Közel-Keleten és Dél-Ázsiában gyökerező militáns iszlám terrorizmus fenyegetése központi szerepet kapott. Bár ezek a rendkívül erőszakos vallási szélsőségesek kisebbségi nézetet képviselnek, a fenyegetésük valós. 1995-re az azonosított 56 csoport közel felét, azaz 26-ot, vallási indíttatásúnak minősítettek, többségük az iszlámot tekintette vezérfonalnak.

A szeptember 11-i támadások négy eltérített repülőgépet és öngyilkos merényleteket foglaltak magukban, amelyeket 19, az iszlám szélsőséges csoporthoz köthető fegyveres hajtott végre az egyesült államokbeli célpontok ellen.
A támadások az amerikai történelem legvéresebb terrortámadásai voltak amerikai földön, súlyos haláleseteket és anyagi pusztítást okozva New York Cityben és Washingtonban. New Yorkban körülbelül 2750 ember vesztette életét, a Pentagonban 184, Pennsylvaniában 40, ahol az egyik eltérített gép a földbe zuhant, miután az utasok megpróbálták visszaszerezni az irányítást; mind a 19 terrorista meghalt. A New York-i rendőrség és tűzoltóság különösen súlyosan érintett volt: több százan siettek a helyszínre, és több mint 400 rendőr és tűzoltó vesztette életét.
A támadásokat Oszama bin Laden, az al-Kaida vezetője irányította
Bin Laden az évek során meggyőződött arról, hogy az Egyesült Államok gyenge, és korábbi amerikai katonai kudarcokra hivatkozott, például a bejrúti tengerészgyalogos laktanyák 1983-as megsemmisítésére, a szomáliai mogadishui amerikai kivonulásra és a vietnámi háború során történt amerikai távozásra.

A szeptember 11-i támadások fő operatív tervezője Khalid Sheikh Mohammed volt,
aki fiatalkorát Kuvaitban töltötte, majd az Egyesült Államokban tanult, később Pakisztánba és Afganisztánba utazott dzsihádot vívni a Szovjetunió ellen. Mohammed a 1990-es évek közepén a Bojinka-terv részeként több tucat amerikai repülőgép felrobbantását tervezte Ázsiában, ám a terv kudarcot vallott. 1996-ban találkozott Bin Ladennel Tora Borában, Afganisztánban, és javaslatot nyújtott be a 9/11-es támadás operatív végrehajtására: pilóták kiképzésére, akik repülőgépeket zuhantattak volna amerikai épületekbe. Bin Laden biztosította a pénzt, a logisztikát és a személyzetet.
A szeptember 11-i összeesküvés globális koordinációt igényelt: tervezési értekezletek zajlottak Malajziában, a hamburgi sejt Németországban koordinálta az eseményeket, az ügynökök repülési órákat vettek az Egyesült Államokban, pénzátutalások történtek Dubaiból, és öngyilkos merénylőket toboroztak a Közel-Kelet országaiból.
A „hamburgi sejt” kulcsfontosságú szerepet játszott az operatív irányításban, és radikálisabbá vált a nyugati tapasztalatok, a diszkrimináció, az elidegenedés és a honvágy hatására.